Tom Cruise wyznał, że jego ojciec, Thomas Cruise Mapother III był "tyranem i tchórzem". W wywiadzie dla magazynu Parade Cruise aktor powiedział o nim:
Był typem człowieka, który gdy tylko coś idzie źle, wyżywa się na tobie. Dał mi porządną lekcję w życiu, jak można kogoś uspokoić, sprawić by czuł się bezpiecznie, a później znienacka zaatakować. Czułem się jakby coś było z nim nie w porządku. Wiedziałem, że nie mogę mu ufać.
Także w szkole Cruise nie miał łatwego życia. Miejsce, które powinno być dla niego ucieczką od nieszczęśliwego domu, było mu nieprzyjazne, a nawet wrogie.
Bardzo często podchodziły do mnie różne przerośnięte dzieciaki i popychały. Serce bije Ci jak szalone, pocisz się i czujesz się jakbyś miał za chwilę zwymiotować .... nie znosiłem ich – wspomina Tom w wywiadzie dla E Online.
Matka Toma opuściła jego ojca w 1974 r., gdy aktor miał 12 lat, zabierając ze sobą jego i jego siostrę, Lee Anne.
Na początku lat 90-ych, już po tym jak nawrócił się na scjentologię, Tom usłyszał, że jego ojciec umiera na raka i postanowił się z nim spotkać. Pierwszy raz od czasu rozwodu rodziców.
Mój ojciec zgodził się spotkać ze mną pod warunkiem, że nie będziemy rozmawiać o przeszłości. Kiedy zobaczyłem jak cierpiał, pomyślałem: Boże, jaki on jest samotny – wspomina Tom. Wkrótce potem ojciec aktora zmarł.
